Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan proses kebalikan transkripsi yaitu mengkopi RNA menjadi DNA. Definisi yang lain menyebutkan bahwa reverse transcription adalah proses yang mentranskripsikan untai tunggal  RNA  menjadi DNA komplemennya (cDNA) dengan katalisator enzim reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor. Tanpa reverse transkripsi, pekerjaan mencari umumnya dilakukan dengan mengisolasi DNA total genom kemudian memotong-motongnya menjadi ratusan ribu potongan dan diteruskan dengan mempelajari masing-masing potongan dengan teliti, cara tersebut menghabiskan waktu dan tenaga yang banyak dan tidak efisien. Dengan enzim yang sesuai, pekerjaan mencari gen tidak harus dimulai dengan mengisolasi DNA genom total tetapi cukup dengan mengisolasi mRNA.

cDNA

cDNA merupakan terminology genetic yang mengacu pada untai DNA yang disintesis dari template RNA melalui suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim reverse transcriptase dan DNA polymerase. cDNA disebut juga DNA komplemen, beruntai tunggal atau untai ganda, disintesis invitro dari template mRNA menggunakan enzim reverse transcriptase.

Tujuan mengkonversi mRNA menjadi cDNA adalah karena DNA sifatnya lebih stabil dari pada RNA. Setelah dikonversi, untai cDNA tersebut dapat digunakan untuk PCR, sebagai probe untuk analisis ekspresi dan untuk perbanyakan/ cloning sekuen mRNA. Jika seorang peneliti ingin mengekspresikan suatu protein spesifik dalam sel yang tidak lazim memproduksi protein tersebut satu cara sederhana adalah dengan mentransfer cDNA yang mengkode protein tersebut ke sel resipien. Pada kondisi alamiah, cDNA tersintesis oleh reverse transcriptase yang mengubah untai tungal RNA berdasarkan urutan pasanan basanya dan memasangkan dengan basa DNA yang sesuai (A,U,G dan C berpasangan dengan T,A,C dan G).

Enzim Reverse Transcriptase

Enzim transkriptase-balik (reverse-transcriptase) adalah enzim yang secara alami digunakan oleh  retrovirus untuk membuat copy DNA berdasarkan RNA-nya. Enzim transkriptase-balik ditemukan oleh  Howard Temin dan David Baltimore secara terpisah pada tahun 1970 tidak lama setelah penemuan  enzim restriksi. Enzim transkriptase-balik ini kemudian digunakan untuk mengkonstruksi copy DNA  yang disebut cDNA (complementary DNA) dengan menggunakan RNA sebagai cetakannya. Dengan  demikian gen atau bagian dari gen dapat disintesis berdasarkan mRNA. Proses sintesis DNA dengan  cara ini merupakan kebalikan dari pada proses transkripsi. Oleh karena itu dinamakan transkripsi-balik.

Saat ini, enzim transkriptase-balik sudah diproduksi secara komersial. Ketersediaan enzim  transkriptase-balik ini telah memberikan kemudahan bagi para peneliti untuk mempelajari gen yang  bertanggung-jawab terhadap sifat-sifat tertentu.

Enzim reverse transcriptase sebenarnya bukanlah merupakan katalisator yang efektif. Selama satu periode transkripsi setidaknya terdapat rata-rata 10 kesalahan seperti salah baca kodon, melompati pembacaan beberapa kodon dan sebagainya. Kesalahan-kesalahan tersebut relative lebih parah dibandingkan dengan kesalahan yang umum terjadi pada replikasi normal, hal tersebut karena proses transkripsi normal mempunyai mekanisme  koreksi yang mengurangi frekuensi kesalahan transkripsi. Frekuesi kesalahan transkripsi yang tinggi ternyata justru menguntungkan sel prokaryotic yang bersangkutan. Fenomena tersebut merupakan salah satu factor yang menyebabkan partikel prokaryotic seperti virus sulit untuk diberantas, pola genetic virus cenderung cepat berubah sehingga tidak terkoreksi oleh system imun manusia (Stowell,2009).

Primer

Tiga jenis primer yang umum digunakan dalam proses reverse transkripsi; (1) Primer Oligo(dT) atau dNTPs, (2) Primer random hexamer, (3) Gen spesifik primer. Primer dNTPs yang paling sering digunakan sebagai primer karena peneliti bisa mendapatkan salinan cDNA lengkap dari full mRNA juga afinitas dNTPs terhadap ekor poly A pada mRNA. Primer dNTPs menggandakan ekor poly A mRNA dan terfosforilasi pada ujung 5’ untuk menfasilitasi cloning cDNA.

mRNA yang panjang (>4 kb) atau tidak memiliki ekor poly A (mRNA prokaryota), maka pilihannya adalah random primer. Dengan random primer, ujung 5′ gen-gen yang panjang dapat ditranskripsi balik, tetapi cDNA yang diperoleh mungkin tidak full dari seluruh gen. Biasanya digunakan random primer 6-mers, tetapi 8 atau 9-mers dapat meningkatkan ukuran cDNA karena primernya akan terhibridisasi lebih jarang.

Pilihan ketiga adalah primer spesifik gen yang dapat meningkatkan sensitivitas dengan mengarahkan seluruh aktifitas enzim RT untuk mentranskripsi balik hanya RNA tertentu saja. Jika yang kita lakukan adalah one-step RT PCR, primer spesifik gen digunakan karena primer RT juga nantinya digunakan sebagai primer reverse pada reaksi PCR-nya (Yepyhardi, 2010).

About these ads

About JavAurora

Aku bagai berjalan di atas air, beriak tapi tak berbekas

4 responses »

  1. arti says:

    trims info ttg transkripsi balik nya…
    numpang tanya juga…transkripsi RNA itu sama spt transkripsi (sintesis protein) atau transkripsi balik y?
    trmksh sblum ny…:)

  2. rymo says:

    salam kenal mas,,,
    aku juga dapat tugas REVERSE TRANSCRIPTION nie,,,

    numpang baca N copy,,
    oh ya,, saran saya bagaimana lo daptar rujukan d tulis lengkap biar yg baca jg bisa cari bukunya,,,

    makasih sebelumnya,,^^v

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s